目前咖啡豆去除咖啡因有三種方法:  　　
1、水處理法，可去除94～96%的咖啡因.  　　
2、化學萃取方法，早期使用氯仿(Chloroform)、苯(Benzene)當溶劑萃取咖啡因，後來瞭解這些化學物質致癌，慢慢又被其他低危害的化學物質取代，但畢竟是化學物質不夠天然，此方法可萃取96～97%的咖啡因。  　　
3、第三種方法為超臨界二氧化碳處理法，其萃取率可以達96～98%。為去除咖啡因三種方法中效率最好的一種方式。  　　

二氧化碳(CO2)處理法：  　　
使用兩種自然元素，純水與二氧化碳(這兩者混合我們通常稱他為蘇打水)去萃取咖啡生豆中的咖啡因，這個方法的創始人是Kurt Zosel。  　　
在化學上我們又稱為超臨界CO2萃取技術，超臨界二氧化碳(以下簡稱為SC-CO2)的密度為氣體的數百倍，並且接近液體的密度，然而其粘度卻與氣體狀態的二氧化碳略同。其擴散係數大約為氣體的百分之一，而比液體大數百倍。因此，物質移動(Mass transfer)或分配等，均比其在液體溶劑中進行為快。  　　

此方法之所以開發成為萃取咖啡豆中咖啡因的方法是因為有下列特點：  　　
1. 二氧化碳的臨界溫度為31.1℃，臨界壓力為73大氣壓(Atm)，由於比較接近常溫的臨界溫度而可適用於對熱不穩定物質萃取。對於咖啡中香氣物質的保留具有很好的效果。  　　
2. 二氧化碳為不活性氣體，無著火性及化學反應性，同時無殘留性，對人體無害，亦不造成環境污染。  　　
3. 容易製取高純度的二氧化碳供用而且價廉。  　　

超臨界CO2萃取咖啡因的方法是讓咖啡豆吸收水分，膨脹至兩倍大，咖啡因分子在豆體內鬆動，加入二氧化碳並在水中給予大於100大氣壓力(Atm)，使水與二氧化碳混和創造一個蘇打水的環境。二氧化碳像磁鐵般吸引咖啡因分子，咖啡因被二氧化碳捕捉後，咖啡因就會開始移動。二氧化碳具有高選擇性，他不會去捕捉咖啡豆中的碳水化合物及蛋白質，因為碳水化合物及蛋白質是咖啡豆中風味及氣味的主要成分。當結束萃取之後自然乾燥，含有咖啡因的水，可以輕易的分離出咖啡因，並做為其他商業上的用途。  　　

此方法的優點：  　　
1. 萃取咖啡因的效率很高，無化學污染。  　　
2. 不會與咖啡豆中的碳水化合物、蛋白質起任何化學變化。  　　
3. 其副產品(咖啡因)是天然的，百分百可以回收的!