接下來是手選步驟。爲了提高手選效率，必須使用一些道具，其中必備的是手選用的托盤。托盤要準備兩種，一種是生豆專用的無光澤黑色托盤，一種是烘焙豆專用、貼有無光澤褐色棉紙的托盤。遇上有大量豆子要手選的情況，這樣的托盤能讓眼睛不疲勞。

　　下面來介紹挑選瑕疵豆的步驟如下：

　　1、取適量的咖啡生豆放入托盤中。重點是適量，過多過少都不好。將咖啡生豆攤放在托盤上，用雙手食指與中指將托盤上的生豆均分成五等分。少量地進行手選，較不易遺漏瑕疵豆，也比較容易集中注意力。

　　2、將咖啡生豆挑選至無瑕疵豆爲止。

　　3、不是隻盯着有豆的一面看，而是要拿起來看看它的顏色與形狀。不放過任何一顆，目光由右邊向左邊移動。

　　4、不斷重複同樣的步驟。

　　5、得知挑出咖啡瑕疵豆的平均值。

　　一個托盤中若挑出五到六顆瑕疵豆，以此爲平均值，進行下一個托盤的手選。

　　挑選咖啡瑕疵豆的順序爲“顏色-->光澤-->形狀”。

　　1、顏色不同的豆子。弄清楚顏色挑選的基準爲何，接着將相同顏色的咖啡豆擺在一起。

　　2、光澤不同的豆子。可以根據咖啡豆的光澤挑選，挑除死豆與未熟豆。

　　3、形狀不同的豆子。貝殼豆等對味道的影響較輕微，所以放在最後處理。

　　手選順序1到3漸漸熟悉之後，就能進行整體的判斷。如此一來，挑選瑕疵豆的速度就能提升，長時間作業下來也不會疲倦。最重要的是兩隻手一起進行。習慣用手的挑選速度會比較快，但也容易累而無法支撐長時間的瑕疵豆的挑選工作，所以建議雙手一起挑選。