破壞性最大的咖啡樹疾病，爲咖啡駝孢鏽菌(Hemileia vastatrix)所致。此病在非洲、近東及印度、亞洲、澳大拉西亞(Australasia)等生產咖啡的地區發生已久，1970年首次出現於西半球，發現於巴西。斯里蘭卡及爪哇一度興旺的咖啡種植園即毀於該病。症狀爲葉表面出現黃色小油斑，後擴大成鮮橙色至紅色圓斑，最後轉褐色，具黃色邊緣。鏽菌孢子堆位於葉下表面，橙黃色，後轉黑色。病葉下垂，逐漸脫落，數年內植株即死亡。控制方法爲於潮溼季節及時噴殺真菌劑;某些地區的種植園已遷移至海拔1,800?2,100公尺(6,000?7,000呎)較涼爽的地方，在該處鏽菌不易繁殖。施行檢疫亦減少遠距離播散的機會。