進行挑選瑕疵豆之前，爲了使豆子大小均勻，生豆需要先過篩。可使用三種不同尺寸的特別定製篩網，也可採用一般園藝店賣的金屬篩網，但尺寸上要注意。過篩的目的是爲了分開豆子尺寸並去除掉雜質。

接下來是手選步驟。爲了提高手選效率，必須使用一些道具，其中必備的是手選用的托盤。托盤要準備兩種，一種是生豆專用的無光澤黑色托盤，一種是烘焙豆專用、貼有無光澤褐色棉紙的托盤。遇上有大量豆子要手選的情況，這樣的托盤能讓眼睛不疲勞。

下面來介紹挑選瑕疵豆的步驟如下：

1、取適量的咖啡生豆放入托盤中。重點是適量，過多過少都不好。將咖啡生豆攤放在托盤上，用雙手食指與中指將托盤上的生豆均分成五等分。少量地進行手選，較不易遺漏瑕疵豆，也比較容易集中注意力。

2、將咖啡生豆挑選至無瑕疵豆爲止。

3、不是隻盯着有豆的一面看，而是要拿起來看看它的顏色與形狀。不放過任何一顆，目光由右邊向左邊移動。

4、不斷重複同樣的步驟。

5、得知挑出咖啡瑕疵豆的平均值。

一個托盤中若挑出五到六顆瑕疵豆，以此爲平均值，進行下一個托盤的手選。

挑選咖啡瑕疵豆的順序爲“顏色–>光澤–>形狀”。

1、顏色不同的豆子。弄清楚顏色挑選的基準爲何，接着將相同顏色的咖啡豆擺在一起。

2、光澤不同的豆子。可以根據咖啡豆的光澤挑選，挑除死豆與未熟豆。

3、形狀不同的豆子。貝殼豆等對味道的影響較輕微，所以放在最後處理。

手選順序1到3漸漸熟悉之後，就能進行整體的判斷。如此一來，挑選瑕疵豆的速度就能提升，長時間作業下來也不會疲倦。最重要的是兩隻手一起進行。習慣用手的挑選速度會比較快，但也容易累而無法支撐長時間的瑕疵豆的挑選工作，所以建議雙手一起挑選。

十大瑕疵豆類型：

一、帶殼豆

咖啡內果皮覆蓋在咖啡豆果肉內側，多殘留在水洗法處理的咖啡豆上，烘焙時的透熱性差，有時還會着火燃燒，是造成咖啡澀味的原因。

二、石頭

採收的豆子因爲使用自然乾燥法，容易混入石頭或木屑等。

三、發黴豆

因爲乾燥不完全，或是在運輸、保管過程中過於潮溼，而長出青色、白色的黴菌，有時會使豆子粘在一起，若不去除這些發黴豆，會產生黴臭味。

四、發酵豆

主要分兩大類：一種是在水洗法處理咖啡時在發酵槽浸泡時間過長，被水洗咖啡豆的水污染而形成;另一種是堆放在倉庫的關係，因而附着細菌，豆子表面變得斑駁。發酵豆外表不易分辨出來，因而手選時應特別注意。發酵豆如果混入咖啡中會產生腐臭味。

五、死豆

非正常結果的豆子。顏色不易因烘焙而改變，故容易分辨出來。味道平淡，與銀皮同樣有害無益，會成爲異味的來源。

六、未熟豆

在其成熟前就被採摘下的豆子，有腥羶、令人做嘔的味道。將咖啡豆放置數年就是爲了對付這些未成熟豆而採取的對策。

七、貝殼豆

乾燥不良或者雜交異常而產生;豆子從中央線處破裂，內側像貝殼般翻出。貝殼豆會造成烘焙不均，進行深度烘焙時容易着火。

八、蟲蛀豆

蛾在咖啡果實成熟變紅之際侵入產卵，幼蟲啃食咖啡果實成長，豆子表面會留下蟲蛀痕跡。蟲蛀豆會造成咖啡液混濁，有時會產生怪味。

九、黑豆

較早成熟掉落地位，長期與地面接觸而發酵變黑的豆子。可輕易通過手選步驟挑除。混入黑豆煮出來的咖啡會產生腐臭味且渾濁。

十、可可

自然乾燥法使得果肉殘留、未充分脫殼是它形成的原因。帶有碘、土等味道，會發生類似氨的臭味。“可可”是葡萄牙語“糞”的意思。