在水洗過程中，果實的果皮和果肉經特殊的去漿機處理與咖啡豆剝離。咖啡豆隨後進入發酵缸進行發酵處理，以使粘膜不再粘滑。黏膜中的糖分會在發酵過程中被分解。根據發酵手法的不同，發酵的時間通常爲12小時至6天（一些種植者會利用淋水系統發酵咖啡豆。這種方法被稱爲“肯尼亞水洗法（Kenyan method），通常會持續數日）。決定何時停止發酵極爲重要。一旦咖啡過度發酵，咖啡的味道就會變得過酸。一旦粘膜的粘性物質被分解殆盡，人們就會利用大量的水將其沖洗下去（生豆處理過程中產生的廢水被認爲是咖啡工業的污染源頭。如今，很多地區正在研究先進技術，以回收利用並過濾這一過程產生的廢水）。水洗髮產生於19世紀，也被稱爲“溼法加工”。

嚴格受控的發酵過程會提高咖啡的酸度，並會在咖啡最終的口味中有所體現。但只要在發酵過程後立即進行水洗處理，咖啡的口味就可以得到提升，並帶有明亮的酸味自然水洗法

這種方法在巴西極爲常見。自然水洗法與水洗法極爲相似，不同之處在於自然水洗法是用高壓水洗機去除咖啡表層的粘膜的，從而跳過的發酵過程。巴西和哥倫比亞的數家咖啡生豆處理公司已將這種方法申請專利，併成爲了當地的自然水系加工發壟斷企業。這種方法的用水量遠低於水洗髮，因此有些人習慣稱之爲“半乾燥法（Semi-Dry）”。由於沒有經過發酵，咖啡豆並不存在（或僅存在極低的）發酵風險，咖啡的整體品質更加恆定。但不幸的是，咖啡由於沒有發酵，口味會趨於平淡。因此，種植者不會對超高品質的咖啡豆種使用自然水洗法。大部分生豆採購公司也很少購買經自然水洗法加工處理的咖啡哦度蜜處理法

哥斯達黎加幾乎全部產區都在使用蜜處理法。這種方法也在整個中美洲廣爲流傳。由於咖啡豆表層粘膜極爲粘滑且糖度極高，因此人們通常稱之爲“蜜”。在蜜處理過程中，咖啡在乾燥時會留有部分或全部的“蜜”。咖啡果實經採摘、分級和去果肉果皮，便會被放在乾燥牀上進行乾燥。

由於粘膜的乾燥時間很短，因此在乾燥過程中咖啡豆幾乎不會發生髮酵。用這種處理方法加工的咖啡豆酸度要比自然水洗法略高一些，但比水洗法和自然日曬法加工要低很多