1808年拿破崙一世侵入西班牙的消息傳到哥倫比亞後，該地人民立即掀起了獨立運動。1810年7月20日，波哥大爆發了大規模反對西班牙殖民統治的暴動，逮捕了新格拉納達總督。1811年11月，各地代表在波哥大組織國會，成立了新格拉納達聯合省政府，並於11月11日宣佈獨立。但是昆迪納馬卡沒有承認這個聯邦。在1812年底，在形成政體的爭論最終導致內戰。1814年又再一次爆發。1815年中，一支大規模的西班牙遠征軍抵達新格林納達。推翻了聯合省政府。16年五月，保皇黨控制了整個新格林納達。1815年西班牙殖民者捲土重來。1819年8月7日，S.玻利瓦爾領導起義軍在博亞卡戰役大敗西班牙殖民軍，10日攻克波哥大，從此結束了西班牙的殖民統治1823年，玻利瓦爾應祕魯愛國者的請求，經國會批准，率哥倫比亞軍隊進入祕魯同西班牙西班牙殖民軍作戰。

1824年，哥倫比亞與祕魯聯軍打敗西班牙殖民軍，祕魯獲得了獨立。玻利瓦爾率軍在祕魯作戰期間，桑坦德爾代行總統職務，主持哥倫比亞政務。桑坦德爾主張建立聯邦制的政權，並聯合地方勢力反對玻利瓦爾團結統一的政治主張。哥倫比亞國會和政府內部的派別鬥爭日益尖銳。

1826年 4月，以派斯爲首的委內瑞拉地方執政者及反對以桑坦德爾爲首的新格拉納達執政者，要求單獨成立國家。經玻利瓦爾調解，分裂活動暫時被制止，但內部矛盾和派別鬥爭依然存在。

1828年5月8日哥倫比亞國民代表會議在奧卡尼亞召開。以玻利瓦爾爲首的中央集權派同以桑坦德爾爲代表的聯邦派在會議上發生尖銳衝突。之後，各地方的分裂傾向愈益明顯。

1829年11月，委內瑞拉發表聲明，退出大哥倫比亞共和國。

1830年1月，玻利瓦爾在國會辭去總統職務，以期消除分歧，維護國家統一，但無濟於事。5月31日，基多地區宣佈退出哥倫比亞，成立厄瓜多爾共和國。12月17日，玻利瓦爾逝世，隨後，哥倫比亞解體。1831年哥倫比亞及巴拿馬地區改名爲新格拉納達共和國

其一：據說是從加勒比海的海地島，經中美洲的薩爾瓦多從水路傳來的。

其二：1808年,一名牧師從法屬安的列斯經委內瑞拉將咖啡豆首次引入哥倫比亞。其中一種是哥倫比亞的第一批咖啡種子是通過聖坦德省由委內瑞拉入境的。[1] 

其三：關於哥倫比亞咖啡種植的最早記錄出現於西班牙傳教士Jose Gumilla的名爲“The Illustrated Orinoca”的書中。他描寫了他於1730年在Meta河兩岸傳教時的見聞，其中提到了當地的咖啡種植園。到了1787年的時候，其他的傳教士已經把咖啡傳播到了哥倫比亞境內的其他地方哥倫比亞咖啡的品種主要爲小粒咖啡。植物爲小喬木或大灌木，高5-8米，基部通常多分枝；老枝灰白色，節膨大，幼枝無毛，壓扁形。葉薄革質，卵狀披針形或披針形，長6-14釐米，寬3.5-5釐米，頂端長漸尖，漸尖部分長10-15毫米，基部楔形或微鈍，罕有圓形，全緣或呈淺波形，兩面無毛，下面脈腋內有或無小窩孔；中脈在葉片兩面均凸起，側脈每邊7-13條；葉柄長8-15毫米；托葉闊三角形，生於幼枝上部的頂端錐狀長尖或芒尖，生於老枝上的頂端常爲突尖，長3-6毫米。聚傘花序數個簇生於葉腋內，每個花序有花2-5朵，無總花梗或具極短總花梗；花芳香，有長0.5-1毫米的花梗；苞片基部多少合生哥倫比亞咖啡純正的味道，來自於哥倫比亞那具有咖啡生長最有利條件的自然環境。但除此之外，與當地的種植者辛勤的努力是分不開的。在哥倫比亞，咖啡的種植面積達到了107萬公頃，全國約有30.2萬個咖啡園，30%到40%的農村人口的生活都直接依靠咖啡生產。哥倫比亞雖然有不少農場，但面積都不大。每個農場的面積只有2公頃左右，80%以上的咖啡種植園的咖啡樹只有5000棵左右，平均3000棵。由此可見，哥倫比亞的農業屬小農莊型。當地人在咖啡樹周圍種上高大的喬木或香蕉樹。幼苗期爲咖啡樹搭涼棚，以保證咖啡生長所需要的陰涼潮溼環境。由於咖啡林內溼度大，溫差小，咖啡豆成熟慢，有利於咖啡鹼和芳香物質的積累，因而咖啡質量最好