4.挑選與分級：精緻的農場會經由人工或機器來辨識瑕疵豆，將它挑出來丟掉。人工挑選法通常使用寬約1公尺的輸送帶，由坐在兩旁的數位女工，以目視法挑掉不良的豆子;在一些優良的農場裏，甚至經過好幾次挑選，直到看不到瑕疵豆爲止。機器挑選法則使用電腦辨識，剔除瑕疵豆。接着，是分級的程序，依照既定的標準將咖啡豆分爲若干品質等級，好的咖啡進入精選咖啡市場，不好的咖啡則流入商業的咖啡市場。
水洗法是目前最流行的處理法，大多數的精品咖啡豆都會選擇水洗法。水洗式咖啡精製過程：採收→蓄水槽（去除雜質以及未熟豆）→果肉去除機（去除果肉以及雜 質）→發酵槽（去除內果皮上附着的黏膜）→水洗池（選出質量輕和豆質硬的豆子）→日曬場（或者乾燥機）→去殼機（去除內果皮)→分級（電子選豆機或者手 選、篩網等方式)→出口採用水洗加工的咖啡豆外觀較爲整齊，而且雜質和瑕疵豆較少，咖啡豆含水量一般在16%左右。優點是雜味較少，口感清澈，果酸味明亮；最大的缺點在於發酵過程中咖啡豆容易染上酸澀味，一顆發酵味的豆子會壞了50克的豆子半水洗法也被稱爲“蜜處理法”是乾燥法和水洗式二者的折中，省去了水洗式的將咖啡果進行發酵的環節。採收→蓄水槽（去除雜質以及未熟豆）→果肉去除機（去 除果肉以及雜質）→水洗池（選出質量輕和豆質硬的豆子）→日曬場（或者乾燥機）→去殼機（去除內果皮)→分級（電子選豆機或者手選、篩網等方式)→出口蜜處理法品質上比干燥式處理穩定但卻沒有水洗處理的好。這種通過蜜處理法加工咖啡豆的方法近來受到咖啡愛好者的追捧，口感甜美、Crema豐富，適合萃取 意式咖啡基底Espresso。優點是能夠很好還原咖啡豆本身風味，咖啡香甜感更強烈，紅酒味突出。缺點是咖啡漿果的外果皮去掉後乾燥的過程中咖啡豆非常 容易遭受污染，並有可能發黴